Исаченко Борис Лаврентьевич родился 2(14) июня 1871 г. в Санкт-Петербурге в Санкт-Петербурге в семье нотариуса Лаврентия Лаврентьевича Исаченко и его жены Софьи Федоровны (урожд. Ильиной). Окончил Александровскую классическую гимназию в г. Николаеве (1891) и сразу же поступил в Петербургский университет, на естественное отделение физико-математического факультета. Научная деятельность началась еще в студенческие годы, когда в 1894 он был командирован Петербургским обществом естествоиспытателей в Херсонскую и Бессарабскую губернии для выяснения причин распространения в них грибов-паразитов. Окончил Петербургский университет (1895) с дипломом 1-й степени. За работы "К гистологии Pholiota aurea Fr." и "Паразитные грибы Херсонской губернии" получил от Совета университета премию в память I съезда русских естествоиспытателей и врачей, и был оставлен при университете для подготовки к профессорскому званию. Несколько семестров обучался за рубежом - в Лейпцигском (1896), Бернском (1913) и Марбургском (1914) университетах, а также в Политехникуме в Дельфте (1896).

В 1895 назначен хранителем Ботанического кабинета Петербургского университета по споровым растениям. Дважды (1898 и 1900) был командирован за границу с научными целями, где стажировался по физиологии растений у Пфеффера (Лейпциг) и по микробиологии у Бейеринка (Дельфт), по бактериологии у Колле (Берн), Абдергальдена (Галле), Мениля (Париж). Но главным учителем Б.Л. Исаченко стал М. Бейеринк, выдающийся голландский микробиолог.

В 1899 сдал магистерский экзамен и в 1899/90 учебном году читал лекции по бактериологии на Курсах воспитательниц и руководительниц физического образования П.Ф. Лесгафта. Вклад Б.Л. Исаченко в развитие женского образования в России этим не ограничился: с 1904 он читал курс анатомии и физиологии растений и курс бактериологии на Высших женских сельскохозяйственных курсах И.А. Стебута, а в 1910 ботанику слушательницам Женского медицинского института.

1 июля 1900 назначен приват-доцентом по кафедре ботаники (степень магистра ботаники была получена в 1915 от Харьковского университета), с 1929 - профессор. Начал читать в университете курс микробиологии, а также организовал в 1918 лабораторию по микробиологии в Петербургском университете. С 1919 по 1923 - председатель биологического отделения университета. В 1913-1914 состоялась вторая длительная командировка от университета за границу, во время которой Б.Л. Исаченко работал в университетах Берна, Марбурга и Галле у профессоров Ф. Колле, А. Мейера и Э. Абдергальдена.

В 1922-1923 был командирован за границу для возобновления отношений и обмена трудами с крупнейшими ботаническими учреждениями Англии, Франции, Чехословакии, Голландии и Германии. В 1924 был представителем Наркомзема РСФСР на международном конгрессе в Англии с правом подписать от имени Российской Федерации документ о вступлении страны в международное объединение по контролю семян. Был участником международных конгрессов в Испании, США и Канаде (1926), в Италии и Германии (1928) и др.

В 1902 назначен консерватором Петербургского Ботанического сада, занимая должность заведующего отделом семеноведения (до 1917), а с 1917 до 1930 - директора Ботанического сада. При отделе семеноведения организовал в 1921 специальные курсы, через которые прошли сотни работников по семенному делу, основал и редактировал специальный журнал "Записки по семеноведению" (1912-1929).

В 1902 участвовал в организации Женских (Стебутовских) сельскохозяйственных курсов при Ботаническом саде, которые впоследствии вошли в состав Сельскохозяйственного института. С 1904 по 1938 состоял профессором Сельскохозяйственного института (г. Пушкин), читая курсы систематики и физиологии растений, анатомии и микробиологии; был деканом факультета, а с 1920 - ректором.

С 1919 работал в качестве члена организационного комитета, а затем в качестве заведующего микробиологической лабораторией Государственного гидрологического института. Принимал участие в организации лаборатории микробиологии в Ленинградском институте рыбного хозяйства.

31 января 1929 избран членом-корреспондентом АН СССР Отделения физико-математических наук по разряду биологическому (ботаника).

С 1929 по 1937 занимал должность заведующего отделом общей микробиологии в Институте экспериментальной медицины, сменив на этом посту акад. В.Л. Омелянского.

С 1937 до конца жизни исполнял обязанности директора Института микробиологии АН СССР в Москве (с 1939 утвержден в должности директора Общим Собранием АН СССР).

С 1906 участвовал в Мурманской экспедиции по исследованию Баренцева моря, в 1922-1925 был в составе Азовской промысловой экспедиции, в 1927 командирован АН СССР на Новую Землю в район Маточкина Шара в составе Полярной комиссии, В 1930 принимал участие в правительственной экспедиции О.Ю. Шмидта на ледоколе "Седов", во время которой одному из открытых в Карском море островов было присвоено имя о. Исаченко, в 1932-1933 участвовал в Кулундинской экспедиции АН СССР, в 1933 на ледоколе "Сибиряков" плавал в Карском море и море Лаптевых.

В 1924 одним из первых поднял в печати вопрос об исследованиях Арктики при помощи воздушного корабля. В 1926 по предложению Ф. Нансена и Международного общества "Аэроарктик" организовал советскую группу Общества и был ее первым председателем. В 1928 в этом качестве подготовил международную конференцию "Аэроарктик" в Ленинграде с участием Ф. Нансена.

В 1934 АН СССР присудила Б.Л. Исаченко ученую степень доктора биологических наук.

С 1945 - действительный член АН Украинской ССР.

30 ноября 1946 избран академиком АН СССР по Отделению биологических наук (микробиология).

Почетный член Микробиологического общества в Ленинграде, действительный член Русского географического общества (1916), пожизненный член Французского ботанического общества, член Британского общества микологии, действительный член Американского общества физиологов.

20 августа 1936 присвоено звание Заслуженного деятеля науки (1936).

В 1918 удостоен Российской академией наук премии имени К. Бэра за работу "Исследование над бактериями Северного Ледовитого океана". Имел ордена Ленина (1945) и Трудового Красного Знамени (1945), а также медаль "За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг." (1946).

Исаченко Борис Лаврентьевич умер 17 ноября 1948 г. в Москве.

Семья: в 1907 женился на Елизавете Васильевне Схина, две дочери от первого брака.