Сын мелкого чиновника. Не имел возможности получить на только высшего, но и гимназического образования. С 1832 воспитывался в Преображенском сиротском доме, с 1837 – канцелярский служитель Оружейной палаты Московского Кремля, 1848 служит в Московской Дворцовой конторе (сначала помощником архивариуса, затем архивариусом). В этих условиях поддерживал контакты с известными историками Москвы П.М. Строевым и И.М. Снегиревым. Самостоятельно освоил палеографию и другие специальные исторические дисциплины в процессе розыска архивных материалов по истории Москвы. Вместе с правоведом Д.Д. Ровинским, впоследствии знаменитым собирателем гравюр и русского лубка, совершает пешие экскурсии для ознакомления с памятниками истории и культуры Подмосковья. Т.Н. Грановский ознакомил Забелина с книгами своей библиотеки, читал лекции по истории для него и К.Т. Солдатенкова и ввел его в круг московской интеллигенции. Достаточно рано Забелиным была осознана необходимость перехода от описания отдельных памятников к изучению истории Москвы в контексте общей истории России. В 1856 в неофициальной части газеты «Московские губернские ведомости» он создал специальный раздел «Материалы для истории Москвы и её окрестностям», где регулярно осуществлял публикации найденных им архивных материалов. С 1847 – член-соревнователь Общества истории и древностей российских при Московском университете, с 1851 – действительный член. А с 1879 по 1888 – председатель того же общества. С 1859 начал службу в Археологической комиссии в Петербурге, руководил раскопками скифских курганов в Поднепровье и Причерноморье, в частности, знаменитого Чертамлыцкого кургана близь Никополя в 1862-63-гг. Его деятельность в Комиссии продолжалась до 1872. С 1882 он входил в состав комиссии по постройке Исторического музея в Москве, в 1884 стал товарищем председателя музея великого князя Сергея Александровича. Вместе с А.С. Уваровым разработал концепцию и принципы построения экспозиции музея, в 1885-1908 гг. – фактический руководитель музея. В 1879 по решению городской думы на Забелина возложены обязанности по подготовке и написанию истории Москвы.

В центре внимания Забелина всегда находились вопросы истории материальной культуры, быта, средневекового города, древнерусской иконописи и зодчества, проблемы развития методики музейного дела и археологических исследований. Он активно выступал против так называемой «нормандской теории» и был пропагандистом решающей роли «славянского начала» в отечественной истории. Решительно отвергал распространенные в его время взгляды об исключительной роли иностранных влияний и заимствований в развитии русской архитектуры XVI-XVII вв., считая, что она обязана своими формами, в первую очередь, традициям самобытного деревянного народного зодчества. Огромные знания и специфика научных интересов Забелина превратили его в одну из ключевых фигур, находящихся в центре развития русской культуры. К его консультациям обращались А.Н. Островский, Л.Н. Толстой, В.И. Суриков, И.Е. Репин, А.М. и В.М. Васнецовы, Н.К. Рерих, А.П.Рябушкин, С.В. Милютин, К.С. Станиславский и другие деятели культуры, творчество которых затрагивало вопросы, связанные с историей России. Им были так же установлены контакты с крупнейшими частными собирателями памятников отечественной истории и культуры, многие из которых впоследствии благодаря Забелину завещали свои коллекции Историческому музею. Согласно своему завещанию, сам Забелин оставил музею капитал в 70 тысяч рублей, собрание древнерусских рукописей XVII-XVIII вв.(более 950 единиц), а так же научную библиотеку, часть которой в 1938 была передана в Государственную публичную историческую библиотеку. В музее оказался и архив ученого (более 30 тысяч листов). В 1961 Большой Ивановский переулок в Москве был переименован в улицу Забелина.

По выражению А. Кизеветтера, «Забелин, русский до мозга костей, походил скорее на немецкого, нежели на русского ученого, неиссякаемостью научной производительности». Другой известный историк Н. Павлов-Сильвинский отметил, что «глубокое знакомство со стариной и любовь к ней отражаются в языке Забелина, выразительном и оригинальном, необыкновенно красочном и богатом, с архаическим народным оттенком».

В 1853 появляются две крупные работы Забелина, посвященные истории материальной культуры Древней Руси: «О металлическом производстве в России до конца XVII столетия» (в Записках Археологического общества) и «Историческое обозрение финифтяного ценинного дела в России».

Особую группу трудов Забелина составляют работы посвященные памятникам или истории отдельных мест: «Историческое описание Московского ставропигиального Донского монастыря» (М., 1865); «Кунцово и древний Сетунский стан: Ист. воспоминания» (М., 1873); «Преображенское или Преображенск, московская столица достославных преобразований первого императора Петра Великого» (М., 1883); «Опричный дворец царя Ивана Васильевича» (М., 1893).

В 1862 выходит первая часть первого тома фундаментального труда Забелина: «Домашний быт русского народа в XVI и XVII столетиях». Вторая часть этого тома увидела свет только несколько десятилетий спустя, в 1915. Второй том под названием «Домашний быт русских цариц в XVI и XVII столетиях» опубликован в 1869. К этим работам примыкает статья «Большой боярин в своем вотчинном хозяйстве XVII в.» (Вестник Европы, 1871, № 1-2). Отдельные небольшие работы собраны в двухтомном издании под названием «Опыты изучения русских древностей и истории: Исследования, описания и критические статьи», вышедшем в Москве в 1872-1873 гг. Через несколько лет появилось капитальное исследование в 2-х томах «История русской жизни с древнейших времен» (М., 1876-1879). Из статей, опубликованных в процессе полемики с Костомаровым составилась книга «Минин и Пожарский: Прямые и кривые в Смутное время» (М., 1883). Итогом археологических исследований Забелина явилась книга «Скифские могилы. Чертомлыцкий курган» (М., 1865). Воззрения на развитие древнерусского искусства нашли отражение в книге «Русское искусство: Черты самобытности в древнерусском зодчестве» (М., 1900). Уже в самом начале его научной деятельности, им были собраны и изданы «Материалы для истории русской иконописи» (М., 1850). В связи с возложенным на него поручением Московской городской думы по написанию истории Москвы им опубликованы «Предлагаемые задачи по решению Московской городской думы историко-археологического и статистического описания города Москвы» (М., 1881). Затем последовала двухтомная публикация «Материалы для истории, археологии и статистики города Москвы» (М., 1884-1891). В завершении через много лет наконец появилась и сама «История города Москвы» (Ч. 1., М., 1902).

Лит.: Забелин И.Е. Дневники; Записные книжки . - М., 2001; И.Е. Забелин. 170 лет со дня рождения: Материалы науч. чтений ГИМ, 29-31 окт. 1990 г. Ч. 1-2. - М., 1992; Иван Егорович Забелин: [Историк]: Библиогр. указ. – М. 1988; Формозов А.А. Историк Москвы И.Е. Забелин. - М., 1984; Ардашев Н.Н. Иван Егорович Забелин как теоретик археологии. - М., 1909; Анучин Д.Н. И.Е. Забелин как археолог в первую половину его научной деятельности. - М., 1909; Два юбилея учено-литературной и служебной деятельности Ивана Егоровича Забелина. - М., 1910; Памяти Ивана Егоровича Забелина. - М., 1911; Кузьминский К.С. Иван Егорович Забелин и его печатные труды. - М., 1912; Щепкин В.Н. Иван Егорович Забелин, как историк русского искусства. - М., 1912; Отчет Имп. Российского исторического музея им. Имп. Александра III в Москве. 1883-1908 годы. - М., 1916; Советская историческая энциклопедия. - М., Энциклопедический словарь Ф.А. Брокгауза и И.А. Ефрона. - СПб., 1890-1907; Большая советская энциклопедия.1-е изд. - М., 1932. - Т. 25; Большая советская энциклопедия. 2-е изд. - М., 1952. - Т. 16; Большая советская энциклопедия. 3-е изд. - М., 1972. - Т. 9; Московская энциклопедия: Т. 1: Лица Москвы. кн. 1. - М., 2007; Большая Российская энциклопедия. – М., 2008. - Т. 10.