Джонатан Вильямс-младший (Jonathan Williams, Jr.), 1750 – 1815, родился в Бостоне. Его отцом был - Джонатан Вильямс-старший (ум. 1796), купец, торговавший в Вест-Индии, матерью - Грейс (Харрис) Уильямс, дочь сестры Бенджамина Франклина, Энн. Таким образом, Джонатан приходился внучатным племянником Бенджамину Франклину.

Образование Вильямс-младший получил в Бостоне, а в 1770 году Джонатан отправился в Лондон, что бы начать работать при поддержке Франклина. В 1776 году Франклин был направлен послом во Францию, и он тут же назначил Вильямса своим торговым агентом в Нанте, в обязанности последнего входил осмотр оружия и прочих предметов снабжения перевозимых для американской армии во время революции. В 1779 году Джонатан женился на Марианне Александре (Marianne Alexander) из Эдинбурга.

Вступив в полемику между Артуром Ли (Arthur Lee) и Сайласом Дином (Silas Deane), Вильямс ушел в отставку как агент, но оставался в Европе участвуя в различных коммерческих предприятиях до тех пор, пока Франклин, в 1785 году, не вернулся домой, в США.

В 1796 году Джонатан Вильямс стал ассоциированным судьёй в Суде общей юрисдикции Филадельфии; служил в разное время как секретарь, советник и вице-президент Американского философского общества.

Вильямс считался экспертом в области теории сооружений и поэтому был назначен Томасом Джефферсоном (Thomas Jefferson) инспектором фортификационных сооружений и суперинтендантом на военный пост в Вест-Пойнте в 1801 году (в звании майора), а после создания в США военной академии в следующем году, стал её первым руководителем. В 1803 году ушел в отставку, но в 1805 вернулся в звании полковника инженеров. Планировал и руководил строительством обороны гавани Нью-Йорка. 31 июля 1812 года ушел из армии. В Англо-американской войне (1812 – 1815) служил в качестве бригадного генерала Нью-йоркского ополчения и в комитете Филадельфии для подготовки обороны на реке Делавэр.

В 1814 Джонатан Вильямс был избран в конгресс, но умер 16 мая 1815 года до вступления в должность.

Джонатан Вильямс активно помогал Бенджамину Франклину в исследованиях по океанологии. В 1793 году из Филадельфии на имя Е.Р. Дашковой поступила работа Дж. Вильямса «The Use of the Termometer in Navigation», опубликованная в печатном органе Философского общества. Дашкова тот час же передала работу Вильямса академику Ф.И. Шуберту (1758—1825), поручив ему представить отзыв. Шуберт отозвался о работе благоприятно, отметив, что выводы Вильямса о влиянии отмелей и скал на температуру морской воды находятся в согласии с опытами Франклина. Отзыв Шуберта с извлечениями из работы Вильямса в русском переводе был направлен в Адмиралтейство, где к этой работе отнеслись с большим вниманием. Однако исследования, проведенные в Балтийском море, не подтвердили наблюдений Вильямса, о чем Адмиралтейство сообщило Академии, прислав копии донесений офицеров, производивших опыты. В Академии донесения эти подверглись тщательному обсуждению. Кроме Шуберта, к рассмотрению работы Уильямса и сообщений русских моряков были привлечены академики Л.Ю. Крафт (1743—1814) и С.Я. Румовский (1734—1812).

Самое известное произведение Вильямса – «Memoir of Jonathan Williams, on the use of the Thermometer in discovering Banks, Soundings, &c.» Transactions of the American Philosophical Society, Held at Philadelphia, for Promoting Useful Knowledge, vol. 3 (1793): 82–100 (Jonathan Williams, Jr.).

Основная часть рукописей Джонатана Вильямса созданы в период после 1800 года и относятся к его военной службе, особенно как суперинтенданта Вест-Пойнта. Существует множество писем, документов, планов и рисунков укреплений, обороны побережья и портов восточной части Соединенных Штатов. Есть также много семейных писем, особенно интересна переписка между Джонатаном и его женой. Среди них выделяется «Niagara Journal» в виде писем Вильямса и его жены весной и летом 1801 года, которые он написал, будучи на пути к Ниагара-Фолс с целью прокладки дороги от Баффало к Ниагаре и во время путешествия вниз по реке Огайо.

Сохранились несколько счетов, деловых писем, меморандумов и т. д., связанные с коммерческой деятельностью Вильямса во время его пребывания в Англии и Франции.

Материалы, связанные с Бенджамин Франклином включают: дневник тура, сделанного Франклином, Яном Ингенхаузом и Вильямсом в 1771 году для наблюдения за производством в мраморной промышленности Англии; письма Бенджамина Франклина, проект «Мемуары о торговле» ("Memoir on Trade") доктора Франклина, план кухонного камина и дымохода, 1784, идея принадлежала Франклину а так же несколько других работ.